Live2DModelerでは一般的な画像と同様の座標を使っています。

左上を原点とし、右下が+方向です。

上部メニューの[ファイル]- [ドキュメント設定]から全体のサイズの設定ができます。

配置を選択するとドキュメントサイズを変更時、どこを基点を選択することができます（左寄せ、中央寄せなど）

各ポリゴンはこれらを基準にして座標が決まります。

モデルデータを書きだして、そのまま表示しようとした場合はこのサイズで描画されることになります。